Hi,
nvars <- 902
data <- as.data.frame(matrix(runif(100*nvars),ncol=nvars))
colnames(data)[901] <- c('phenotype')
colnames(data)[902] <- c('outcome')
### catch all aic values ###
res <- matrix(nrow=900,ncol=2)
for (i in 1:(length(data)-2)) {
res[i,1] <- names(data)[i]
res[i,2] <- glm(outcome~data[,i]*phenotype, data=data)$aic
}
res
Dear R users,
Could you help my with the following problem?
I want to repeat a glm analysis with 2 independent variables for all 900
variables (snps) in my data set. So, I want to check whether snp1 has a
different effect on my outcome variable in patients and
controls(phenotype). And repeat that for snp2 to snp900.
Is there an easy way to get a summary of the data, e.g. a list of P
values of all 900 variables?
I tried something with a loop:
for (i in 1:length(data)) { print (summary (glm
(outcome~data[[i]]*phenotype, data=data))) } # This works, but gives
900 written summaries
for (i in 1:length(data)) { coef (summary (glm
(outcome~data[[i]]*phenotype, data=data))) } # changing print to coef
gives no output
for (i in 1:length(data)) { glm.data <- glm
(outcome~data[[i]]*phenotype, data=data)) }
summary (glm.data)
# gives only output of the last variable
for (i in 1:length(data)) { glm.data[[i]] <- glm
(outcome~data[[i]]*phenotype, data=data)) }
summary (glm.data[[i]])
# gives only output of the last variable
Or should I use tapply or something like that? In what way?
Thanks!
Afke Terwisscha
email: aterw...@umcutrecht.nl <mailto:aterw...@umcutrecht.nl>
------------------------------------------------------------------------------
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
------------------------------------------------------------------------------
This message may contain confidential information and is...{{dropped:14}}
______________________________________________
R-help@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
______________________________________________
R-help@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
