Hi,
I have been trying to install the Matrix package on R running in Linux
(Fedora). But, I get the following error message (at the bottom). I am logged
in as the root user. Any help would be appreciated! Thanks!
-Hyunseung Kang
* Installing *source* package 'Matrix' ...
Using GNU make for building the package
** libs
** arch -
gcc -m32 -std=gnu99 -I/usr/include/R -I/usr/local/include -I./UFconfig -fpic
-O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector
--param=ssp-buffer-size=4 -m32 -march=i386 -mtune=generic
-fasynchronous-unwind-tables -c CHMfactor.c -o CHMfactor.o
In file included from CHMfactor.h:4,
from CHMfactor.c:2:
Mutils.h:9:41: error: R.h: No such file or directory
Mutils.h:10:22: error: Rversion.h: No such file or directory
Mutils.h:11:56: error: Rdefines.h: No such file or directory
In file included from CHMfactor.h:4,
from CHMfactor.c:2:
Mutils.h:32: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡triangularMatrix_validate¢
Mutils.h:33: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡symmetricMatrix_validate¢
Mutils.h:34: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡dense_nonpacked_validate¢
Mutils.h:54:49: error: missing binary operator before token "("
Mutils.h:59: error: expected ¡)¢ before ¡obj¢
Mutils.h:60: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡set_double_by_name¢
Mutils.h:61: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡as_det_obj¢
Mutils.h:62: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡get_factors¢
Mutils.h:63: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡set_factors¢
Mutils.h:72: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡Matrix_make_named¢
Mutils.h:73: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡check_scalar_string¢
Mutils.h:74: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡equal_string_vectors¢
Mutils.h:76: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:77: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:78: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:79: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:81: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡Matrix_getElement¢
In file included from Mutils.h:99,
from CHMfactor.h:4,
from CHMfactor.c:2:
Syms.h:2: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡Matrix_DimNamesSym¢
In file included from CHMfactor.h:4,
from CHMfactor.c:2:
Mutils.h:149: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡int¢
Mutils.h:178: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡SEXP¢
Mutils.h:197: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡int¢
Mutils.h:215: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡Rboolean¢
Mutils.h:226: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:227: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:229: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:230: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:232: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡Matrix_expand_pointers¢
Mutils.h:234: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡dup_mMatrix_as_dgeMatrix¢
Mutils.h:235: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡dup_mMatrix_as_geMatrix¢
Mutils.h:237: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡new_dgeMatrix¢
Mutils.h:238: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡m_encodeInd¢
Mutils.h:239: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡m_encodeInd2¢
Mutils.h:242: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡SEXP¢
Mutils.h:248: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡SEXP¢
Mutils.h:263: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡int¢
In file included from CHMfactor.h:5,
from CHMfactor.c:2:
chm_common.h:19: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
chm_common.h:20: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
chm_common.h:21: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
chm_common.h:22: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
chm_common.h:24: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
chm_common.h:35: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡chm_factor_to_SEXP¢
chm_common.h:36: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡chm_sparse_to_SEXP¢
chm_common.h:38: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡chm_triplet_to_SEXP¢
chm_common.h:40: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡chm_dense_to_SEXP¢
chm_common.h:42: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡chm_dense_to_matrix¢
chm_common.h:44: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before
¡Rboolean¢
chm_common.h:46: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_validate¢
chm_common.h:47: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMsimpl_validate¢
chm_common.h:48: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMsuper_validate¢
In file included from CHMfactor.c:2:
CHMfactor.h:7: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_ldetL2¢
CHMfactor.h:8: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_to_sparse¢
CHMfactor.h:9: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_solve¢
CHMfactor.h:10: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_spsolve¢
CHMfactor.h:11: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_update¢
CHMfactor.h:12: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_ldetL2up¢
CHMfactor.c:4: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_to_sparse¢
CHMfactor.c:20: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_solve¢
CHMfactor.c:37: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_spsolve¢
CHMfactor.c: In function ¡chm_factor_ldetL2¢:
CHMfactor.c:72: warning: implicit declaration of function ¡log¢
CHMfactor.c:72: warning: incompatible implicit declaration of built-in function
¡log¢
CHMfactor.c:72: warning: implicit declaration of function ¡fabs¢
CHMfactor.c:72: warning: incompatible implicit declaration of built-in function
¡fabs¢
CHMfactor.c:82: warning: implicit declaration of function ¡error¢
CHMfactor.c:85: warning: incompatible implicit declaration of built-in function
¡log¢
CHMfactor.c: At top level:
CHMfactor.c:91: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_ldetL2¢
CHMfactor.c:122: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_update¢
CHMfactor.c:132: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_ldetL2up¢
make: *** [CHMfactor.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package 'Matrix'
** Removing '/usr/lib/R/library/Matrix'
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