Hi,
Here is an implementation. The image is uploaded as Rplot02.png.
> gen <- read.table("geno.txt",header=TRUE)
> gen
Genotype E1 E2 E3 E4 E5 E6 E7 E8 E9 E10 E11 E12 E13
E14 E15 E16 E17 E18
1 G1 0.79 2.11 6.21 0.56 4.06 2.13 5.61 0.20 3.32 3.01 5.12 0.77 0.78
0.62 2.00 5.87 2.50 0.49
2 G2 0.59 0.92 10.11 0.74 4.01 1.12 4.58 0.70 2.61 1.49 4.59 0.20 1.33
0.62 2.67 5.58 2.22 0.93
3 G3 1.18 3.44 4.08 0.50 6.91 4.27 6.87 0.30 4.57 2.88 6.61 0.59 0.97
1.02 1.45 5.32 2.65 2.73
4 G4 2.17 4.46 6.51 0.35 4.80 5.99 5.44 1.20 4.21 3.59 4.89 0.39 2.26
2.05 3.33 8.55 2.10 2.39
5 G5 0.99 4.83 6.71 1.43 5.83 2.95 3.66 0.50 1.54 2.55 5.70 1.83 0.39
1.44 1.66 5.36 1.32 1.19
6 G6 1.57 3.94 7.49 0.61 5.88 2.74 7.22 1.19 4.81 3.72 5.59 0.38 1.36
1.43 3.94 9.15 2.50 2.56
7 G7 2.38 4.74 9.94 1.31 5.74 5.59 9.01 0.70 4.47 3.59 4.85 3.48 2.35
1.23 3.22 11.21 2.89 3.01
8 G8 0.98 2.56 12.02 3.31 5.41 2.03 5.92 0.30 4.39 4.19 6.10 0.39 1.97
0.62 4.93 8.89 3.45 2.95
E19 E20 E21 E22 E23 E24
1 0.42 0.73 5.66 4.61 3.98 0.32
2 0.40 0.68 4.28 3.89 2.98 1.78
3 1.31 2.63 6.51 5.42 5.43 0.60
4 0.03 1.81 6.05 6.31 6.53 1.94
5 0.08 1.03 5.38 2.45 5.18 0.54
6 0.08 0.68 6.46 6.02 5.28 2.52
7 0.33 0.91 9.15 7.03 6.39 2.13
8 0.01 0.62 8.35 5.71 5.86 0.38
> x <- expand.grid(gen[,1],names(gen)[2:dim(gen)[2]])
> x
Var1 Var2
1 G1 E1
2 G2 E1
3 G3 E1
4 G4 E1
5 G5 E1
6 G6 E1
7 G7 E1
8 G8 E1
9 G1 E2
10 G2 E2
11 G3 E2
12 G4 E2
13 G5 E2
14 G6 E2
15 G7 E2
16 G8 E2
17 G1 E3
18 G2 E3
19 G3 E3
20 G4 E3
21 G5 E3
22 G6 E3
23 G7 E3
24 G8 E3
25 G1 E4
26 G2 E4
27 G3 E4
28 G4 E4
29 G5 E4
30 G6 E4
31 G7 E4
32 G8 E4
33 G1 E5
34 G2 E5
35 G3 E5
36 G4 E5
37 G5 E5
38 G6 E5
39 G7 E5
40 G8 E5
41 G1 E6
42 G2 E6
43 G3 E6
44 G4 E6
45 G5 E6
46 G6 E6
47 G7 E6
48 G8 E6
49 G1 E7
50 G2 E7
51 G3 E7
52 G4 E7
53 G5 E7
54 G6 E7
55 G7 E7
56 G8 E7
57 G1 E8
58 G2 E8
59 G3 E8
60 G4 E8
61 G5 E8
62 G6 E8
63 G7 E8
64 G8 E8
65 G1 E9
66 G2 E9
67 G3 E9
68 G4 E9
69 G5 E9
70 G6 E9
71 G7 E9
72 G8 E9
73 G1 E10
74 G2 E10
75 G3 E10
76 G4 E10
77 G5 E10
78 G6 E10
79 G7 E10
80 G8 E10
81 G1 E11
82 G2 E11
83 G3 E11
84 G4 E11
85 G5 E11
86 G6 E11
87 G7 E11
88 G8 E11
89 G1 E12
90 G2 E12
91 G3 E12
92 G4 E12
93 G5 E12
94 G6 E12
95 G7 E12
96 G8 E12
97 G1 E13
98 G2 E13
99 G3 E13
100 G4 E13
101 G5 E13
102 G6 E13
103 G7 E13
104 G8 E13
105 G1 E14
106 G2 E14
107 G3 E14
108 G4 E14
109 G5 E14
110 G6 E14
111 G7 E14
112 G8 E14
113 G1 E15
114 G2 E15
115 G3 E15
116 G4 E15
117 G5 E15
118 G6 E15
119 G7 E15
120 G8 E15
121 G1 E16
122 G2 E16
123 G3 E16
124 G4 E16
125 G5 E16
126 G6 E16
127 G7 E16
128 G8 E16
129 G1 E17
130 G2 E17
131 G3 E17
132 G4 E17
133 G5 E17
134 G6 E17
135 G7 E17
136 G8 E17
137 G1 E18
138 G2 E18
139 G3 E18
140 G4 E18
141 G5 E18
142 G6 E18
143 G7 E18
144 G8 E18
145 G1 E19
146 G2 E19
147 G3 E19
148 G4 E19
149 G5 E19
150 G6 E19
151 G7 E19
152 G8 E19
153 G1 E20
154 G2 E20
155 G3 E20
156 G4 E20
157 G5 E20
158 G6 E20
159 G7 E20
160 G8 E20
161 G1 E21
162 G2 E21
163 G3 E21
164 G4 E21
165 G5 E21
166 G6 E21
167 G7 E21
168 G8 E21
169 G1 E22
170 G2 E22
171 G3 E22
172 G4 E22
173 G5 E22
174 G6 E22
175 G7 E22
176 G8 E22
177 G1 E23
178 G2 E23
179 G3 E23
180 G4 E23
181 G5 E23
182 G6 E23
183 G7 E23
184 G8 E23
185 G1 E24
186 G2 E24
187 G3 E24
188 G4 E24
189 G5 E24
190 G6 E24
191 G7 E24
192 G8 E24
> names(gen) <- NULL
> genfinal <- data.frame(x, unlist(gen[,2:dim(gen)[2]]))
> names(genfinal) <- c("Genotype","category","value")
> genfinal$category <- as.numeric(genfinal$category)
> head(genfinal)
Genotype category value
1 G1 1 0.79
2 G2 1 0.59
3 G3 1 1.18
4 G4 1 2.17
5 G5 1 0.99
6 G6 1 1.57
> library(ggplot2)
> ggplot(genfinal,aes(x=category,y=value,colour=Genotype)) + geom_line()
Rplot02.png <http://r.789695.n4.nabble.com/file/n4703089/Rplot02.png>
--
View this message in context:
http://r.789695.n4.nabble.com/plotting-this-data-tp4702926p4703089.html
Sent from the R help mailing list archive at Nabble.com.
______________________________________________
R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
