Re: [R] Cansisc: Error in eigen(eHe, symmetric = TRUE)

[Maria Judith Carmona H]

Dear John,

I am including abundance values ​​in my data set so obviously I have zero
abundances.
The problem is that if plot only the factors (biomasa, altdosel, altsoto,
cobertura, riqarb, elevacion, temperatura, precipitacion) I get the
graphic, the same happen when I included only the families, but I want to
see the effect of all these factors+families on this plot . In fact I
included only certain families:

prueba4 <-
lm(cbind(biomasa,altdosel,altsoto,cobertura,riqarb,elevacion,temperatura,precipitacion,

Araceae,Begoniaceae,Bromeliaceae,Clusiaceae,Cyclanthaceae,Ericaceae,Gesneriaceae,
                    Melastomataceae,Orchidaceae,Piperaceae,Pteridophyta) ~
sitio, data=bosques.p)
canprueba2 <- candisc(prueba2, term="sitio", data=bosques.p, ndim=1)
Error in eigen (EHD, symmetric = TRUE): infinite or missing values ​​in 'x'
In addition: Warning message:
In sqrt (wmd): NaNs produced

You see I get the same error.

Best regards,
Judith


On Wed, Jul 9, 2014 at 5:30 PM, John Fox <j...@mcmaster.ca> wrote:

> Dear Maria Judith Carmona Higuita,
>
> Since you didn't include enough information (such as your access to your
> data) to reproduce the error, one can only guess. My guess: you have fewer
> observations in your data set than response variables on the LHS of the
> multivariate linear model.
>
> I hope this helps,
>  John
>
> ------------------------------------------------
> John Fox, Professor
> McMaster University
> Hamilton, Ontario, Canada
> http://socserv.mcmaster.ca/jfox/
>
> On Wed, 9 Jul 2014 11:36:35 -0500
>  Maria Judith Carmona H <juditycarm...@gmail.com> wrote:
> > Hi,
> >
> > I have a problem using the function Candisc from Candisc Package.
> >
> > bosques1<-read.csv("bosques1.csv",header=TRUE,encoding="latin1")
> > bosques1<-na.exclude(bosques1)
> > attach(bosques1)
> >
> > #Modelo de regresión
> > mod <-
> >
> lm(cbind(biomasa,altdosel,altsoto,cobertura,riqarb,elevacion,temperatura,precipitacion,
> >                 Acanthaceae, Apocinaceae, Araceae, Araliaceae, Arecaceae,
> > Aspleniaceae, Begoniaceae,
> >                 Blechnaceae, Bromeliaceae, Clusiaceae, Cyclanthaceae,
> > Davalliaceae, Denstaedtiaceae,
> >                 Dryopteridaceae, Ericaceae, Gesneriaceae,
> Hymenophyllaceae,
> > indet., Lauraceae, Lomariopsidaceae, Lycopodiaceae, Melastomataceae,
> > Moraceae, Myrsinaceae, Ophioglossaceae,
> >                 Orchidaceae, Peperomia, Piperaceae, Poaceae,
> Polypodiaceae,
> > Primulaceae, Pteridaceae,
> >                 Pteridophyta.taxa, Rubiaceae, Vittariaceae) ~ sitio,
> > data=bosques1)
> > summary(mod)
> >
> > #Gráfico 1
> > can <- candisc(mod, term="sitio",data=bosques1,ndim=1,eig=T)
> > ### The error happens here, so I can not run the plot.
> > plot(can,titles.1d = c("Puntuación canónica", "Estructura"))
> > summary(can, means = FALSE, scores = TRUE, coef = c("std"), digits = 2)
> >
> > The error is:
> > Error in eigen(eHe, symmetric = TRUE) : infinite or missing values in 'x'
> > In addition: Warning message:
> > In sqrt(wmd) : NaNs produced
> >
> > Please help!
> >
> > --
> > Maria Judith Carmona Higuita.
> > Estudiante de Biología - Universidad de Antioquia
> > Medellín - Colombia
> >
> > "La felicidad ocurre cuando encajas en tu vida, cuando encajas
> > tan armónicamente que cualquier cosa que hagas es una alegría para ti. De
> > repente lo sabrás y la meditación te seguirá. Si amas el trabajo que
> haces,
> > si amas la manera como vives, entonces ya estás meditando y nada puede
> > distraerte." Osho
> >
> >       [[alternative HTML version deleted]]
> >
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>
>
>
>


-- 
Maria Judith Carmona Higuita.
Estudiante de Biología - Universidad de Antioquia
Medellín - Colombia

"La felicidad ocurre cuando encajas en tu vida, cuando encajas
tan armónicamente que cualquier cosa que hagas es una alegría para ti. De
repente lo sabrás y la meditación te seguirá. Si amas el trabajo que haces,
si amas la manera como vives, entonces ya estás meditando y nada puede
distraerte." Osho

        [[alternative HTML version deleted]]


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