Hi Yao,
You could also use:
library(reshape2)
dd<-dat1[,-(1:4)]
res<-dcast(melt(within(dd,{id=row.names(dd)}),id.var="id"),id~value,length)
head(res)
# id AA AG CC CT GA GG GT TC TG TT
#1 27412 29 10 0 0 13 1 0 0 0 0
#2 27413 0 0 4 9 0 0 0 12 0 28
#3 27414 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53
#4 27415 0 0 53 0 0 0 0 0 0 0
#5 27416 0 0 3 9 0 0 0 12 0 29
#6 27417 0 0 53 0 0 0 0 0 0 0
#Just for comparison:
dat2<- dat1[rep(row.names(dat1),2000),]
nrow(dat2)
#[1] 40000
row.names(dat2)<-1:40000
dd <- dat2[,-(1:4)]
system.time(res1<- table(rownames(dd)[row(dd)], unlist(dd)))
# user system elapsed
# 5.840 0.104 5.954
system.time(res2 <-
dcast(melt(within(dd,{id=row.names(dd)}),id.var="id"),id~value,length))
# user system elapsed
# 3.100 0.064 3.167
head(res1,3)
# AA AG CC CT GA GG GT TC TG TT
# 1 29 10 0 0 13 1 0 0 0 0
# 10 0 4 0 0 6 43 0 0 0 0
# 100 19 15 0 0 15 4 0 0 0 0
head(res2,3)
# id AA AG CC CT GA GG GT TC TG TT
#1 1 29 10 0 0 13 1 0 0 0 0
#2 10 0 4 0 0 6 43 0 0 0 0
#3 100 19 15 0 0 15 4 0 0 0 0
A.K.
----- Original Message -----
From: Yao He <yao.h.1...@gmail.com>
To: R help <r-help@r-project.org>
Cc:
Sent: Wednesday, January 9, 2013 9:23 AM
Subject: [R] how to count "A","C","T","G" in each row in a big data.frame?
Dear All
I have a data.frame like that:
structure(list(name = c("Gga_rs10722041", "Gga_rs10722249", "Gga_rs10722565",
"Gga_rs10723082", "Gga_rs10723993", "Gga_rs10724555", "Gga_rs10726238",
"Gga_rs10726461", "Gga_rs10726774", "Gga_rs10726967", "Gga_rs10727581",
"Gga_rs10728004", "Gga_rs10728156", "Gga_rs10728177", "Gga_rs10728373",
"Gga_rs10728585", "Gga_rs10729598", "Gga_rs10729643", "Gga_rs10729685",
"Gga_rs10729827"), chr = c(7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L,
7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L), pos = c(11248993L,
20038370L, 16164457L, 38050527L, 20307106L, 13707090L, 12230458L,
36732967L, 2790856L, 1305785L, 29631963L, 13606593L, 13656397L,
2261611L, 32096703L, 13733153L, 16524147L, 558735L, 12514023L,
3619538L), strand = c("+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+"),
X2353 = c("AA", "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT",
"CC", "GG", "AG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA",
"GG", "GG"), X2409 = c("AA", "CT", "TT", "CC", "CT", "CC",
"CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG",
"CC", "AA", "AG", "GA"), X2500 = c("GA", "TT", "TT", "CC",
"TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "GG", "GG", "GT",
"CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2598 = c("AA", "TT",
"TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", "AG",
"GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2610 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2300 = c("GA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"AA", "AG", "TT", "TC", "AA", "TC", "AA", "AG", "AA"), X2507 = c("AG",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2530 = c("AG",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
"GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2327 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2389 = c("AA",
"CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
"AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2408 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2463 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2420 = c("GA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
"GG", "GG", "TG", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2563 = c("GA",
"CC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2462 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
"GG", "GG", "GT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2292 = c("GA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"AA", "GG", "TG", "TC", "AA", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2405 = c("GA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"AG", "GG", "TG", "TT", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2543 = c("AA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GA",
"GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "GG"), X2557 = c("AG",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
"GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2583 = c("GA",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"GG", "GG", "GG", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2322 = c("AG",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2535 = c("AA",
"TC", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2536 = c("GA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2581 = c("AG",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2570 = c("AA",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "GG"), X2476 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2534 = c("GA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2280 = c("AA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
"AG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2316 = c("AA",
"CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "AA",
"AA", "AG", "TT", "TC", "GG", "CT", "AA", "GG", "GG"), X2339 = c("AA",
"CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AA",
"GG", "GG", "GT", "CT", "GG", "TT", "AA", "AA", "AG"), X2331 = c("AA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2343 = c("AA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2352 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
"GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2293 = c("GA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"AA", "GG", "TT", "TC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2338 = c("GA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2449 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
"AA", "GG", "TT", "CC", "AA", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2296 = c("GA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG",
"AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2453 = c("AG",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
"GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "GA"), X2460 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
"GG", "GG", "TG", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2474 = c("AA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG",
"AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2603 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
"AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2282 = c("GA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2313 = c("AG",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
"GA", "GG", "GT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2538 = c("AA",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
"AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2522 = c("AG",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AG", "GA"), X2489 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2564 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG",
"GG", "GG", "TT", "CC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2594 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
"AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2274 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2451 = c("AG",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2321 = c("GG",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
"AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2356 = c("AA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG",
"AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "TT", "AA", "AA", "AA"), X2611 = c("AG",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "AG")), .Names = c("name",
"chr", "pos", "strand", "X2353", "X2409", "X2500", "X2598", "X2610",
"X2300", "X2507", "X2530", "X2327", "X2389", "X2408", "X2463",
"X2420", "X2563", "X2462", "X2292", "X2405", "X2543", "X2557",
"X2583", "X2322", "X2535", "X2536", "X2581", "X2570", "X2476",
"X2534", "X2280", "X2316", "X2339", "X2331", "X2343", "X2352",
"X2293", "X2338", "X2449", "X2296", "X2453", "X2460", "X2474",
"X2603", "X2282", "X2313", "X2538", "X2522", "X2489", "X2564",
"X2594", "X2274", "X2451", "X2321", "X2356", "X2611"), row.names =
27412:27431, class = "data.frame")
how to count how many "A","C","T","G" in each row
an example output what I want is like that
A C AA AC CC
3 5 1 1 2
Thanks in advance
Yao He
--
—————————————————————————
Master candidate in 2rd year
Department of Animal genetics & breeding
Room 436,College of Animial Science&Technology,
China Agriculture University,Beijing,100193
E-mail: yao.h.1...@gmail.com
——————————————————————————
______________________________________________
R-help@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
______________________________________________
R-help@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
