Hello,
I have a pedigree file such this:
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53 760 0 0 2 0
53 761 0 0 1 0
53 762 650 760 2 0
53 650 0 0 1 0
53 651 0 0 2 0
53 643 0 0 2 0
53 747 761 762 2 0
53 642 650 651 1 0
54 763 0 0 2 0
54 764 765 766 1 0
54 767 765 766 2 0
54 768 765 766 2 2
54 769 685 686 1 0
54 770 765 766 1 0
54 771 765 766 2 2
54 772 765 766 2 0
54 773 765 766 1 2
54 774 775 102 2 2
54 765 776 763 1 0
54 775 765 766 1 2
54 766 769 777 2 0
54 778 765 766 1 0
54 777 0 0 2 0
54 779 765 766 1 0
54 780 765 766 1 0
54 686 0 0 2 0
54 102 0 0 2 0
54 776 685 686 1 0
54 685 0 0 1 0
55 781 782 783 2 0
55 221 782 783 2 0
55 228 223 221 2 0
55 784 785 228 2 0
55 786 787 788 1 0
55 787 789 790 1 0
55 791 787 788 1 2
55 785 0 0 1 0
55 792 793 794 1 0
55 790 793 794 2 0
55 793 0 0 1 0
55 101 785 228 1 0
55 795 785 228 2 2
55 794 0 0 2 0
55 782 0 0 1 0
55 789 0 0 1 0
55 783 0 0 2 0
55 223 0 0 1 0
55 788 792 781 2 0
55 796 785 228 1 0
55 797 785 228 2 0
55 798 785 228 1 0
55 799 785 228 1 0
55 800 785 228 1 0
56 801 480 802 2 2
56 803 480 802 1 0
56 804 480 802 1 0
56 480 0 0 1 2
56 805 480 802 1 2
56 806 0 0 2 0
56 807 808 806 2 0
56 809 480 802 1 0
56 810 808 806 1 0
56 802 808 806 2 2
56 811 808 806 1 0
56 808 0 0 1 0
56 812 808 806 1 0
56 813 808 806 2 0
56 814 808 806 2 0
56 815 808 806 2 0
56 816 808 806 1 0
57 817 818 819 1 0
57 142 0 0 1 0
57 819 142 161 2 0
57 481 476 477 2 2
57 382 818 819 1 0
57 818 0 0 1 0
57 820 818 819 1 0
57 821 818 819 2 2
57 822 818 819 2 2
57 823 818 819 2 2
57 824 818 819 1 0
57 733 818 819 1 0
57 825 818 819 1 0
57 826 827 481 1 0
57 828 818 819 1 0
57 829 596 821 1 2
57 830 596 821 1 2
57 831 596 821 1 2
57 596 0 0 1 2
57 832 827 481 1 0
57 833 827 481 1 2
57 834 827 481 1 0
57 835 827 481 2 0
57 827 0 0 1 0
57 161 0 0 2 0
57 476 0 0 1 0
57 477 142 161 2 0
58 836 0 0 2 2
58 837 696 836 2 0
58 696 0 0 1 0
58 838 696 836 1 2
58 839 696 836 2 2
59 840 841 674 2 0
59 842 841 674 2 2
59 843 841 674 1 0
59 844 841 674 1 0
59 845 841 674 1 0
59 846 0 0 1 0
59 847 846 848 2 0
59 841 0 0 1 0
59 627 619 620 2 0
59 849 841 674 2 2
59 850 841 674 1 2
59 674 645 646 2 0
59 851 850 852 1 2
59 760 0 0 2 0
59 853 850 852 1 2
59 852 854 627 2 0
59 854 0 0 1 0
59 848 650 760 2 0
59 645 0 0 1 0
59 650 0 0 1 0
59 855 856 847 1 2
59 857 856 847 1 2
59 858 856 847 2 2
59 651 0 0 2 0
59 856 0 0 1 0
59 859 856 847 2 0
59 619 650 651 1 0
59 646 650 651 2 0
59 620 0 0 2 0
60 860 861 862 2 0
60 863 864 865 1 0
60 866 864 865 2 0
60 867 864 865 2 0
60 864 0 0 1 0
60 868 0 0 1 0
60 869 864 865 2 2
60 870 864 865 1 0
60 239 864 865 1 2
60 871 864 865 2 0
60 872 861 862 1 0
60 873 861 862 2 0
60 874 861 862 2 2
60 875 868 876 2 0
60 877 868 876 1 0
60 878 0 0 1 0
60 876 0 0 2 0
60 879 0 0 2 0
60 865 877 879 2 0
60 862 0 0 2 0
60 861 878 875 1 0
61 880 881 882 2 0
61 883 881 882 1 0
61 884 881 882 2 0
61 410 0 0 2 0
61 881 0 0 1 0
61 885 886 887 1 2
61 888 886 887 2 0
61 889 886 887 2 2
61 886 0 0 1 0
61 890 886 887 1 2
61 882 0 0 2 0
61 891 881 882 2 2
61 892 881 882 2 2
61 893 881 882 1 0
61 894 881 882 1 0
61 895 896 891 2 0
61 897 896 891 2 2
61 422 0 0 2 0
61 896 898 899 1 0
61 900 896 891 2 0
61 426 0 0 1 0
61 427 426 422 1 0
61 898 0 0 1 0
61 887 427 410 2 0
61 901 886 887 2 0
61 902 886 887 2 0
61 899 426 422 2 0
62 903 904 663 2 2
62 904 0 0 1 0
62 479 0 0 2 2
62 905 906 483 2 0
62 483 484 479 2 2
62 484 0 0 1 2
62 907 906 483 1 0
62 663 0 0 2 2
62 908 906 483 1 2
62 909 910 903 1 2
62 911 910 903 1 0
62 910 912 913 1 2
62 906 910 903 1 2
62 913 0 0 2 2
62 912 0 0 1 0
63 914 915 916 2 2
63 917 918 919 1 0
63 919 31 29 2 0
63 916 920 921 2 2
63 922 920 921 1 0
63 29 0 0 2 0
63 923 924 925 2 0
63 449 0 0 2 0
63 545 924 925 2 2
63 926 924 925 2 0
63 918 0 0 1 0
63 927 0 0 1 0
63 31 450 449 1 0
63 928 450 449 2 0
63 450 0 0 1 0
63 929 918 919 1 0
63 920 0 0 1 0
63 915 918 919 1 2
63 930 918 919 1 0
63 931 918 919 2 0
63 932 915 916 1 0
63 924 0 0 1 0
63 925 927 928 2 0
63 921 927 928 2 0
63 933 924 925 2 0
63 934 924 925 2 0
63 935 924 925 1 0
64 936 937 279 1 0
64 938 937 279 1 0
64 939 937 279 2 0
64 937 0 0 1 0
64 279 0 0 2 0
64 177 0 0 2 0
64 940 937 279 2 2
64 342 937 279 2 2
64 941 345 342 2 0
64 942 345 342 1 0
64 943 944 945 2 2
64 946 947 948 2 2
64 947 949 943 1 2
64 950 947 948 2 2
64 192 0 0 1 0
64 949 192 177 1 0
64 338 345 342 2 2
64 951 345 342 1 0
64 345 0 0 1 0
64 952 345 342 2 0
64 948 345 342 2 2
64 953 345 342 1 0
64 945 192 177 2 0
64 944 0 0 1 0
64 954 345 342 1 2
65 955 944 945 2 0
65 177 0 0 2 0
65 956 949 943 2 0
65 957 944 945 2 0
65 543 944 945 1 2
65 943 944 945 2 2
65 958 944 945 1 0
65 959 949 943 1 2
65 947 949 943 1 2
65 192 0 0 1 0
65 949 192 177 1 0
65 945 192 177 2 0
65 960 949 943 1 0
65 944 0 0 1 0
66 410 0 0 2 0
66 961 427 410 2 0
66 333 427 410 2 2
66 962 427 410 2 0
66 427 0 0 1 0
66 963 427 410 2 0
This is only a small portion of my pedigree file. In this pedigree list there
are about 400 repeated id; I want to replace repeated individual identifiers
with new id and to replace them not only in id column but also in father and
mother id columns. I don't want to remove subjects with the same id because
they are useful for my heritability analysis. I use kinship package of R and it
doesn't create a kinship matrix with repeated id.
Thank you for help
Best regards
Roberta
[[alternative HTML version deleted]]
______________________________________________
[email protected] mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
