Thanks for your answer. First I will show you both vectors:
Mal66 [1] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [28] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [55] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6.0 NA 4.0 6.0 9.0 0.5 6.0 6.0 NA NA NA NA 5.0 NA 3.0 [82] 10.0 6.0 NA 5.0 7.0 NA NA NA 6.0 4.0 8.0 5.0 NA NA NA NA 3.0 2.0 0.8 NA 7.0 NA 6.0 NA NA 5.0 NA [109] 2.0 3.5 NA 7.0 6.0 5.0 4.0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [136] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [163] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [190] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [217] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [244] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [271] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [298] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [325] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA > Fem66 [1] 5.0 NA 4.5 6.0 0.8 NA 7.0 4.5 NA NA NA NA 5.0 NA 6.0 NA 5.0 NA 5.0 8.0 NA NA NA 8.0 NA 8.0 5.0 NA NA NA NA 8.0 NA 1.0 [35] NA NA NA NA NA NA 5.0 NA 4.0 8.0 NA 6.0 6.0 4.5 3.5 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [69] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [103] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [137] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [171] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [205] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [239] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [273] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [307] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA [341] NA NA NA NA NA NA NA NA I tried this (complete.cases(Fem66, Mal66)) and you are right, it gives me back: (complete.cases(Fem66, Mal66)) [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [23] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [45] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [67] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [89] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [111] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [133] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [155] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [177] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [199] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [221] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [243] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [265] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [287] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [309] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE [331] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE I thought the t.test is a comparison of means and why can I not use it if I have a lot of missing values. Is the reason that I use the paired option? What is different in the calculation using paired? Ah ja this seems to be the case: T66<-t.test(Mal66, Fem66, alternative= "two.sided") > T66 Welch Two Sample t-test data: Mal66 and Fem66 t = -0.4881, df = 49.229, p-value = 0.6277 alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 95 percent confidence interval: -1.4637045 0.8915906 sample estimates: mean of x mean of y 5.096552 5.382609 I use the paired option because may plants (male and female) belong to the same species (and because may boss said that I have to use paired in this case) So what can I do now to solve my problem? Do you think I should not use paired=TRUE? Thanks in advance. Birgit Am 13.09.2007 um 18:50 schrieb Peter Dalgaard: > Birgit Lemcke wrote: >> Hello! >> >> I am using R 2.5.1 on a Apple Power Book G4 with Mac OS X 10.4.10 >> and I am still R beginner. >> >> I try to calculate a t.test() using this code: >> >> TTest75<-t.test(Fem75, Mal75, alternative= "two.sided", paired= >> TRUE) >> >> This works properly, but I have two variables with a lot of >> missing data and therefore get the error message: >> >> TTest66<-t.test(Fem66, Mal66, alternative= "two.sided", paired= >> TRUE) >> Fehler in var(x) : 'x' ist leer >> >> One of the two vectors looks like this: >> >> [1] 5.0 NA 4.5 6.0 0.8 NA 7.0 4.5 NA NA NA NA 5.0 NA 6.0 >> NA 5.0 NA 5.0 8.0 NA NA NA 8.0 NA 8.0 5.0 NA NA NA NA >> 8.0 NA 1.0 >> [35] NA NA NA NA NA NA 5.0 NA 4.0 8.0 NA 6.0 6.0 4.5 3.5 >> NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA >> NA NA NA >> [69] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA >> NA .... >> > >> Is it possible to run a TTest inspite of all the missing data? >> I really need two know if may two vectors are significantly >> different. (If this results are then reliable is an other question) >> > Well, you're not showing the other one, but I have a hunch that any > (complete.cases(Fem66, Mal66)) will come out false, in which case > you don't have paired data and might get rid of paired=TRUE and > have an ordinary two sample test. (BTW paired data for females and > males? Couples?) > > >> By the way is there a better possibility (and I guess there is) >> to save or export the t.test() results as textfile? >> >> Thanks in advance for your help. >> >> Greetings >> >> Birgit >> >> Birgit Lemcke >> Institut für Systematische Botanik >> Zollikerstrasse 107 >> CH-8008 Zürich >> Switzerland >> Ph: +41 (0)44 634 8351 >> [EMAIL PROTECTED] >> >> >> >> >> >> >> [[alternative HTML version deleted]] >> >> >> --------------------------------------------------------------------- >> --- >> >> ______________________________________________ >> R-help@r-project.org mailing list >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help >> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting- >> guide.html >> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code. >> > > > -- > O__ ---- Peter Dalgaard Øster Farimagsgade 5, Entr.B > c/ /'_ --- Dept. of Biostatistics PO Box 2099, 1014 Cph. K > (*) \(*) -- University of Copenhagen Denmark Ph: (+45) > 35327918 > ~~~~~~~~~~ - ([EMAIL PROTECTED]) FAX: (+45) > 35327907 > > Birgit Lemcke Institut für Systematische Botanik Zollikerstrasse 107 CH-8008 Zürich Switzerland Ph: +41 (0)44 634 8351 [EMAIL PROTECTED] [[alternative HTML version deleted]]
______________________________________________ R-help@r-project.org mailing list https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
