Если кому-то понадобиться, то вот скрипт из двух файлов: (dists - подкаталог с пакетами)
#################
cat mkdists
#!/bin/sh
dpkg-scanpackages dists /dev/null 2>/tmp/ScanPackErrors | gzip >
dists/Packages.gz
cat /tmp/ScanPackErrors
./rmOldDeb.pl /tmp/ScanPackErrors
unlink /tmp/ScanPackErrors
apt-get update
#################
cat rmOldDeb.pl
#!/usr/bin/perl -w
foreach (<>){
if (/ignored data from (.+deb) !$/ || /filename (.+deb)\) is repeat;$/)
{
unlink $1;
print "Deleted $1\n";}
}

