I'm dealing with a similar issue. Perhaps it makes sense to have an automake-args variable so flags can be passed to the existing update-automake rule.
Attached is a trivial patch that adds the DEB_AUTO_UPDATE_AUTOMAKE_ARGS variable to class/autotools-files.mk.
--- autotools-files.mk.orig 2007-11-02 08:22:45.000000000 -0400 +++ autotools-files.mk 2007-11-16 03:42:35.092998873 -0500 @@ -52,7 +52,7 @@ $(if $(DEB_AUTO_UPDATE_ACLOCAL),if [ -d $(DEB_SRCDIR)/m4 ]; then m4="-I m4"; fi; if [ -e $(DEB_SRCDIR)/aclocal.m4 ]; then cd $(DEB_SRCDIR) && aclocal-$(DEB_AUTO_UPDATE_ACLOCAL) $$m4; fi,$(if $(DEB_AUTO_UPDATE_AUTOMAKE), if [ -d $(DEB_SRCDIR)/m4 ]; then m4="-I m4"; fi; if [ -e $(DEB_SRCDIR)/aclocal.m4 ]; then cd $(DEB_SRCDIR) && aclocal-$(DEB_AUTO_UPDATE_AUTOMAKE) $$m4; fi)) $(if $(DEB_AUTO_UPDATE_AUTOCONF),if [ -e $(DEB_SRCDIR)/configure.ac ] || [ -e $(DEB_SRCDIR)/configure.in ]; then cd $(DEB_SRCDIR) && `which autoconf$(DEB_AUTO_UPDATE_AUTOCONF) || which autoconf`; fi) $(if $(DEB_AUTO_UPDATE_AUTOHEADER),if [ -e $(DEB_SRCDIR)/configure.ac ] || [ -e $(DEB_SRCDIR)/configure.in ]; then cd $(DEB_SRCDIR) && `which autoheader$(DEB_AUTO_UPDATE_AUTOHEADER) || which autoheader` ; fi) - $(if $(DEB_AUTO_UPDATE_AUTOMAKE),if [ -e $(DEB_SRCDIR)/Makefile.am ]; then cd $(DEB_SRCDIR) && automake-$(DEB_AUTO_UPDATE_AUTOMAKE) ; fi) + $(if $(DEB_AUTO_UPDATE_AUTOMAKE),if [ -e $(DEB_SRCDIR)/Makefile.am ]; then cd $(DEB_SRCDIR) && automake-$(DEB_AUTO_UPDATE_AUTOMAKE) $(DEB_AUTO_UPDATE_AUTOMAKE_ARGS) ; fi) touch debian/stamp-autotools-files clean::
signature.asc
Description: This is a digitally signed message part.
